<div id="particles"></div> 
<div class="container-1">Этот контейнер из файла с header</div>
<div class="container-2">Этот контейнер из файла с контентом</div>
<div class="container-3">Этот контейнер из файла с footer</div>

.container-1 {
  background: red;
}
.container-2 {
  background: green;
}
.container-3 {
  background: blue;
}

#particles {
  position: absolute;
  z-index: -1;
  
  background: linear-gradient(-45deg, #ee7752, #e73c7e, #23a6d5, #23d5ab);
  background-size: 400% 400%;
  animation: gradient 15s ease infinite;
}

html, body, #particles {
  width: 100%;
  height: 100%;
  margin: 0;
  padding: 0;
  color: white;
}

@keyframes gradient {
  0% {
    background-position: 0% 50%;
  }
  50% {
    background-position: 100% 50%;
  }
  100% {
    background-position: 0% 50%;
  }
}